Akvaarioon ei missään tapauksessa saa laittaa kaloja ennenkuin otollinen bakteerikanta on kasvanut. Mikäli kypsyttää bakteerikannan itse, ilman kaupan bakteeritiivistettä, on hyvä varautua noin kuukauden päiviin. Jos bakteerikanta ei ole tarpeeksi kehittynyt, kalat voivat kuolla nitriittimyrkytykseen. Uudessa akvaariossa saattaa tulla ensimmäisten viikkojen aikana nitriittipiikki, jolloin kaloille haitallisen nitriitin määrä akvaariossa hetkellisesti kohoaa. Nitriitin määrää voi seurata esimerkiksi testeillä.

Kypsytysvaiheessa akvaarioon myös istutetaan akvaariokasvit, sillä ne ovat tärkeässä roolissa akvaarion toiminnassa. Ne mm. ehkäisevät levän syntymisen ja käyttävät ravinnokseen kaloille haitallisia yhdisteitä. Alkuun kannattaa istuttaa nopeasti kasvavia akvaariokasveja, kuten esimerkiksi vesiruttoa. Mitä enemmän akvaariokasveja, sen parempi!

Kasvit myös luovat akvaarioon perspektiivin tuntua ja niillä pystyy sisustamaan akvaariosta mieleisensä. Etualalle kannattaa laittaa pienempiä ja matalampia kasveja, ja taakse suurempia. Kasvit myös toimivat piilopaikkoina kaloille. Kasveille lisätään kasviravinnetta, jotta ne kukoistavat. 

Ennen kalojen saapumista veteen lisätään myös vedenparannusainetta, joka poistaa hanavedestä mm. kaloille haitallisia raskametallijäämiä.